Najstarsze informacje wiążą się z osadzeniem zakonu benedyktynów z Tyńca przez Kazimierza Odnowiciela. Sam klasztor i kościół wybudował już jego następca Bolesław Śmiały. Wieś służebna, później osada targowa, a w roku 1398 otrzymała z nadania Władysława Jagiełły prawa miejskie. Do roku 1773 miasto było własnością klasztoru. Od 1774 roku Mogilno znalazło się w granicach państwa pruskiego. W latach 1806- 1815 w Księstwie Warszawskim, by ponownie na sto lat dostać się pod panowanie pruskie.

Postacią która szczególnie wyróżniła się w walce przeciwko germanizacji tych ziem był Ksiądz Prałat Piotr Wawrzyniak proboszcz mogileński (1898 - 1910), po śmierci pochowany na miejscowym cmentarzu.

Mieszkańcy Mogilna mieli znaczący udział w powstaniach styczniowym i wielkopolskim. Po długich latach niewoli l stycznia 1919 roku miasto odzyskało niepodległość.